Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 4 noyabr 2009-cu il tarixli 579 nömrəli Sərəncamına əsasən iki ölkə arasında İkitərəfli Əməkdaşlıq üzrə Hökumətlərarası Komissiyanın Azərbaycan tərəfindən tərkibi təsdiq edilmişdir. Azərbaycan Respublikasının vergilər naziri F.Məmmədov Komissiyanın Azərbaycan tərəfindən həmsədri təyin edilmişdir. Litva tərəfindən həmsədr xarici işlər naziri Linas Linkyaviçüsdür.

1-ci  iclas

26.05.2010

Mayın 26-da Vilnüsdə Azərbaycan və Litva Hökumətlərarası Komissiyanın birinci iclası keçirilmişdir. Komissiyaya Azərbaycan tərəfdən həmsədr vergilər naziri Fazil Məmmədov, Litva tərəfdən isə bu ölkənin xarici işlər naziri Audronyus Ajubalis başçılıq etmişdir.

İşgüzar və dostluq mühitində keçmiş iclasda Azərbaycan və Litva arasında iqtisadi, energetika, sənaye, kənd təsərrüfatı, gənclər və idman, mədəniyyət və turizm, nəqliyyat, rabitə və informasiya texnologiyaları sahələrində əməkdaşlıq məsələləri müzakirə olunmuşdur.
İki ölkə arasında müqavilə-hüquq bazasının inkişafının sürətləndirilməsinə qərar verilmişdir, yekun sənəd olaraq protokol imzalanmışdır.
İclasın yekununa dair mətbuat konfransında həmsədrlər Azərbaycan və Litva arasında əməkdaşlığın bütün sahələrdə inkişaf etdirmək əzmində olduğunu qeyd etmişlər. 
Litva xarici işlər naziri A.Ajubalis Dağlıq Qarabağda separatçı rejim tərəfindən keçirilən "parlament seçkiləri" barəsində Avropa İttifaqı və ATƏT tərəfindən verilən bəyanatları bütünlüklə dəstəklədiklərini bildirmişdir.
Hökumətlərarası Komissiyanın növbəti iclasının Bakıda keçirilməsi barədə qərar qəbul edilmişdir.

2-ci iclas

02.04.2012

Komissiyanın həmsədrləri hər iki ölkənin qarşılıqlı əlaqələrinin inkişafında və ölkələrarası dostluq münasibətlərinin daha da dərinləşdirilməsində maraqlı olduqlarını, əlaqələrin inkişaf etdirilməsi üçün səy göstərildiyini, Komissiyanın fəaliyyətinin qarşılıqlı faydalı əməkdaşlıqda vacib rol oynadığını qeyd etmişlər.

Tərəflər iki ölkə arasında siyasi, iqtisadi və humanitar əməkdaşlıq sahələrində ciddi irəliləyişlərə nail olunduğunu, yüksək səviyyəli qarşılıqlı səfərlərin baş tutduğunu və əlaqələrin inkişaf etdirilməsi üçün geniş hüquqi baza yaradıldığını bildirmişlər. Qeyd olunmuşdur ki, indiyədək təkcə iqtisadi sahədə 10-dan çox müxtəlif saziş imzalanmışdır. Tərəflər gələcək əməkdaşlıq sahələrini daha da genişləndirmək məqsədilə ticarət gəmiçiliyi, hava əlaqəsi, beynəlxalq avtomobil daşımaları, kənd təsərrüfatı, ətraf mühitin mühafizəsi, standartlaşdırma və metrologiya, elm, təhsil və texnologiya sahələrində əməkdaşlıq haqqında sənəd layihələrinin baxılması prosesinin sürətləndirilməsi barədə razılığa gəlmişlər.

İclasda iki ölkə arasında bütün sahələr üzrə münasibətlərin inkişaf etdirilməsi və daha da dərinləşdirilməsi məsələləri müzakirə olunmuşdur. Hər iki tərəfin müvafiq strukturlarını təmsil edən nümayəndələr investisiya mühiti, turizm potensialı, informasiya texnologiyaları və səhiyyə sahəsində aparılan islahatlarla bağlı təqdimatlarla çıxış etmişlər.

Azərbaycan və Litva arasında sənayenin müxtəlif sahələri üzrə müştərək istehsal müəssisələrinin yaradılması istiqamətində əməkdaşlığın əhəmiyyəti vurğulanmışdır. Xüsusilə, maşınqayırma, elektrotexnika, informasiya texnologiyaları və digər sahələrdə ikitərəfli əməkdaşlıq əlaqələrinin yaradılmasına dəstək verilməsi, qeyri-neft sənayesinin müxtəlif sahələrinə investisiya yatırılmasına köməklik göstərilməsi, Azərbaycan və Litva arasında enerji sektorunda əməkdaşlığın inkişaf  etdirilməsinin vacibliyi vurğulanmışdır.

İclasda nəqliyyat sahəsində əlaqələrin inkişafı və bu sahədə hökumətlərarası sazişlərin imzalanması ilə bağlı məsələlər ön plana çəkilmişdir. Azərbaycan yüklərinin Litvanın Klaypeda dövlət dəniz limanı vasitəsilə daşınması, GUAM-a üzv-ölkələrinin tranzit potensialının həcminin artırılması məqsədilə TRACECA dəhlizinin marşrutlarının uzadılması imkanları müzakirə edilmişdir.

Tərəflər rabitə və informasiya texnologiyaları sahəsində ikitərəfli əməkdaşlığın inkişafında maraqlarını ifadə etmiş, elektron hökumət və elektron imza sahəsində təcrübə mübadiləsinin aparılması üzrə razılıq əldə etmişlər.

İclasda Azərbaycan və Litva arasında kənd təsərrüfatı, mədəniyyət və turizm, səhiyyə, gənclər və idman sahəsində səmərəli əməkdaşlığın inkişaf etdirilməsi  məsələləri də müzakirə edilmişdir.

Sonra Azərbaycan tərəfindən İkitərəfli Əməkdaşlıq üzrə Azərbaycan-Litva Hökumətlərarası Komissiyasının rəsmi saytının təqdimatı olmuşdur. Bir neçə dildə fəaliyyət göstərən sayt iki ölkənin sahibkarlıq subyektlərinin məlumatlandırılması, eləcə də ölkələrin investisiya imkanları barədə informasiyaların verilməsi işində maraqlı tərəflərə və sərmayəçilərə kömək məqsədilə yaradılmışdır.

İclasda Hökumətlərarası Komissiyanın Azərbaycan tərəfindən həmsədri, vergilər naziri Fazil Məmmədov çıxış edərək bildirmişdir ki, Komissiyanın 2010-cu ildə Vilnüsdə keçirilən ilk iclasından sonra intensiv və məhsuldar iş aparılmış, əməkdaşlığın konkret istiqamətləri müəyyən edilmişdir.  Fazil Məmmədov ölkələrimiz arasında ticarət dövriyyəsinin dinamıkasının ölkələrimizin potensial imkanlarından az olmasını və onun gələcəkdə daha da artırılması və diversifikasiyası üçün iqtisadi əlaqələrin genişləndirilməsinin vacibliyini qeyd etmişdir.

Fazil Məmmədov Azərbaycan və Litva arasında beynəlxalq və regional təşkilatlar çərçivəsində sıx əlaqələr qurulduğunu vurğulayaraq, Avropa Qonşuluq Siyasəti, Avropa Birliyi Şərq Tərəfdaşlığı Təşəbbüsü çərçivəsində əməkdaşılığın uğurla həyata keçirildiyini də diqqətə çatdırmışdır.

Litva Respublikasının xarici işlər naziri, Hökumətlərarası Komissiyanın Litva tərəfindən həmsədri Audronius Ajubalis Azərbaycanın Avropanın enerji təhlükəsizliyi prosesinin fəal iştirakçısı olduğunu, ölkələrinin bu sahəyə, habelə qarşılıqlı investisiyalara maraq göstərdiyini bildirmişdir. Audronius Ajubalis iki ölkənin sahibkarları arasında intensiv əlaqələr qurulduğunu,  2011-ci ilin fevral ayında Litva sahibkarlarından ibarət nümayəndə heyətinin ölkəmizə, 2012-ci ilin mart ayında isə Azərbaycan iş adamlarından ibarət nümayəndə heyətinin Litvaya səfərlərinin, bu səfər zamanı Litvanın sənaye parklarının və Kaunas və Klaypedada yerləşən iqtisadi zonaların fəaliyyəti ilə bağlı təcrübə mübadiləsi aparılmasının bu prosesə təkan verəcəyinə ümid etdiyini söyləmişdir.

Audronius Ajubalis ötən müddətdə hər iki ölkənin şirkət və iş adamlarının müxtəlif sahələr üzrə təşkil olunan sərgilərdə iştirakının vacibliyini və əhəmiyyətini də vurğulamışdır.

Hökumətlərarası Komissiyanın iclasının nəticələri ilə bağlı tərəflər arasında Protokol imzalanmışdır. İclas başa çatdıqdan sonra həmsədrlər mətbuat nümayəndələrinin suallarını cavablandırmışlar.

3-cü iclas

28.06.2013

Litvanın paytaxtı Vilnüs şəhərində Azərbaycan və Litva arasında İkitərəfli Əməkdaşlıq üzrə Hökumətlərarası Komissiyanın 3–cü iclası keçirilmişdir.

İclasda komissiyanın həmsədrləri – Litvanın xarici işlər naziri Linas Linkeviçius və Azərbaycanın vergilər naziri Fazil Məmmədov çıxış etmişlər. Nazirlər iki ölkə arasında əlaqələrin inkişafı və möhkəmləndirilməsində komissiyanın fəaliyyətini yüksək qiymətləndirmişlər. Müasir dövrdə iki ölkənin iqtisadi tərəqqisi, dövlətlərin ikitərəfli iqtisadi münasibətlərinin vəziyyəti və perspektivləri müzakirə edilmiş, qarşılıqlı ticarət imkanlarının inkişafı və diversifikasiyası üçün səy göstərilməsinin vacibliyi vurğulanmışdır.

Qeyd edilmişdir ki, hər iki ölkənin dövlət başçılarının məhsuldar əməyinin nəticəsində dövlətlərarası münasibətlər artıq strateji tərəfdaşlıq mərhələsinə qədəm qoymuşdur. Qarşılıqlı əlaqələr intensiv şəkildə inkişaf edir,praktiki olaraq, bütün sahələrdə ikitərəfli münasibətlər genişlənməkdədir.

Bildirilmişdir ki, ölkələrarası münasibətlər çoxtərəfli əməkdaşlıq çərçivəsində, xüsusilə də Avropa İttifaqının “Şərq tərəfdaşlığı” proqramı çərçivəsində də inkişaf edir. Cari ilin ikinci yarısında Litva Respublikasının Avropaİttifaqı Şurasında sədrlik edəcəyini nəzərə alaraq, tərəflər bu sahədə əməkdaşlığın hərtərəfli inkişaf etdirilməsi üçün daha bir imkan əldə etmiş olacaqlar.

Sonra iclasda Litva və Azərbaycan tərəflərinin hər iki ölkədəki iqtisadi vəziyyət və investisiya mühiti, informasiya texnologiyalarının inkişafı və s. məsələlərlə bağlı təqdimatları keçirilib.

Komissiya iki ölkə arasında qarşılıqlı sərmayə qoyuluşu, iqtisadi vəziyyət və ikitərəfli ticari–iqtisadi münasibətlərin inkişaf perspektivləri, sənaye və energetika, kənd təsərrüfatı, gənclər və idman, mədəniyyət və turizm, nəqliyyat, informasiya texnologiyaları və digər sahələrdə əməkdaşlığın genişləndirilməsi imkanlarını müzakirə etmişlər.

Komissiyanın növbəti iclasının Azərbaycan Respublikasında keçirilməsi barədə razılığa gəlinmişdir. Müzakirələr yekunlaşdıqdan sonra Azərbaycan və Litva arasında ikitərəfli əməkdaşlıq üzrə komissiyanın 3–cü iclasınınprotokolu imzalanmışdır.

4-cü iclas

22.10.2014

Oktyabrın 22-də Şəmkirdə Azərbaycan Respublikası Hökuməti və Litva Respublikası Hökuməti arasında ikitərəfli əməkdaşlıq üzrə Hökumətlərarası Komissiyanın 4-cü iclasında ətraflı məlumat verilib.

Nazir, Hökumətlərarası Komissiyanın həmsədri Fazil Məmmədov Hökumətlərarası Komissiyanın son iclasından ötən müddət ərzində görülmüş işlərdən danışıb. F.Məmmədov bu dövrdə ölkələrimizin dövlət və hökumət qurumlarının, işgüzar dairələrin nümayəndələrinin iştirakı ilə çoxsaylı səfərlərin olduğunu, ikitərəfli əlaqələrin genişləndiyini xatırladaraq deyib: “Azərbaycan ilə Litva arasında gənclər və idman, eləcə də mədəniyyət və turizm sahələrində əməkdaşlıq daha intensiv inkişaf edib. Hər iki ölkənin gənclərinin qarşılıqlı səfərləri təşkil olunub, müxtəlif sərgilər keçirilib. Litvalı ekspertlər Avropa İttifaqı tərəfindən maliyyələşdirilən Azərbaycanın turizm potensialının gücləndirilməsi ilə bağlı Tvinninq layihəsinə yaxından dəstək göstərib”.
Nazir məhz Litvanın Avropa Şurasında sədrliyi dövründə Azərbaycan ilə Avropa İttifaqı arasında vizaların sadələşdirilməsinə dair razılaşmanın imzalanmasının mühüm hadisə olduğunu qeyd edib.

Komissiyanın Litva tərəfdən həmsədri, Litva Respublikasının xarici işlər naziri Linas Linkeviçius ölkələrimiz arasında əməkdaşlığın inkişafı üçün böyük potensialın olduğunu bildirib.

Tərəflər hər iki ölkənin iqtisadi durumu, ikitərəfli münasibətlərin inkişaf perspektivləri, müqavilə-hüquq bazasının inkişafı, energetika, kənd təsərrüfatı və ekologiya, gənclər və idman, mədəniyyət və turizm, təhsil və elm, nəqliyyat, informasiya və kommunikasiya texnologiyaları, gömrük, səhiyyə sahələrində, eləcə də Azərbaycan və Litvanın regionları arasında əməkdaşlıq məsələləri ətrafında geniş müzakirələr aparıblar.

İclasın sonunda Azərbaycan ilə Litva arasında ikitərəfli əməkdaşlıq üzrə Hökumətlərarası Komissiyanın 4-cü iclasının yekunlarına dair Protokol imzalanıb. Sənədi komissiyanın həmsədrləri - Azərbaycan Respublikasının vergilər naziri Fazil Məmmədov və Litva Respublikasının xarici işlər naziri Linas Linkeviçius imzalayıblar.

5-ci iclas

27.10.2017

Cari ilin 27 oktyabr tarixində Litva Respublikasının Vilnüs şəhərində Azərbaycan Respublikası Hökuməti və Litva Respublikası Hökuməti arasında İkitərəfli Əməkdaşlıq üzrə Hökumətlərarası Komissiyanın 5-ci iclası keçirilmişdir.

İclasda ikitərəfli münasibətlərin inkişaf perspektivləri, müqavilə-hüquq bazasının inkişafı, energetika, kənd təsərrüfatı, ekologiya, gənclər və idman, mədəniyyət, turizm, təhsil, nəqliyyat, informasiya və kommunikasiya texnologiyaları, səhiyyə sahələrində, eləcə də Azərbaycanın və Litvanın regionları arasında əməkdaşlıq məsələləri ətrafında müzakirələr aparılmışdır. Ölkələrimiz arasında siyasi, iqtisadi və humanitar əməkdaşlıq sahələrində ciddi irəliləyişlərə nail olunduğu, hər iki ölkənin dövlət başçılarının səyləri nəticəsində münasibətlərin yüksələn xətlə inkişaf etdiyi vurğulanmışdır.

İclasın yekunu olaraq Hökumətlərarası Komissiyanın 5-ci iclasının Protokolu imzalanmışdır. Bununla yanaşı, iclas çərçivəsində “Azərbaycan Respublikası Hökuməti və Litva Respublikası Hökuməti arasında xidməti pasport sahiblərinin vizadan azad edilməsi haqqında Saziş” və “Azərbaycan Respublikası Vergilər Nazirliyi və Litva Respublikasının Maliyyə Nazirliyi yanında Dövlət Vergi Müfəttişliyi arasında məlumat mübadiləsi sahəsində və vergi tələblərinin alınmasında qarşılıqlı inzibati yardım haqqında Anlaşma Memorandum”u imzalanmışdır.

Litvaya səfər çərçivəsində Litva Respublikası Seyminin sədri Viktoras Pranskietis və Litva Respublikasının Xarici işlər naziri Linas Linkyaviçius ilə ikitərəfli görüşlər keçirilmişdir. Görüşlər zamanı ölkələrimiz arasında ikitərəfli əlaqələrin inkişafı ilə bağlı qarşılıqlı maraq doğuran məsələlər ətrafında fikir mübadiləsi aparılmışdır.

Səfər zamanı Şərqi Avropanın qədim ali təhsil ocaqlarından biri olan Vilnüs Pedaqoji Universitetində səfirlik tərəfindən yaradılmış Nizami Gəncəvi adına auditoriyanın rəsmi açılışı olmuşdur.